Sejak penaklukan itu, kekuatan Islam melembaga dalam bentuk kekuatan persekutuan kerajaan-kerajaan Islam kecil di sekitar itu. Ini berarti sebelum tahun itu, di sana telah terdapat lembaga-lembaga kerajaan Islam lokal yang lebih kecil.
Catatan lain menunjukkan Islam telah hadir di NTT, menurut berita Pigaffeta, salah seorang anggota rombongan Magelhaens dalam perjalanan mengelilingi dunia, yang sempat singgah di pelabuhan Batugede di pantai utara pulau Timor pada tanggal 22 Januari – 10 Pebruari 1522, di Alor waktu itu telah terdapat sebuah kampung Islam yang bernama Kampung Maluku (Yamin, 1962).
Sejarahwan di Kupang, Munandjar Widiatmika, menyebutkan angka tahun kehadiran Islam di Ende pada tahun 1550. Sementara itu Katolik Diinformasikan pada tahun 1556 bahwa Pater Taveiro (Portugis) telah memandikan 5000 jamaah yang terdiri dari orang Pulau Ende dan Pulau Timor.
Misi Katolik melembaga pertama kali di NTT dimulai dengan keberadaan Benteng Lohayong pada tahun 1561 tidak menutup kemungkinan pada tahun-tahun setelah itu, selanjutnya juga hadir di Ende. Portugis kemudian juga membangun Benteng di Pulau Ende pada tahun 1596. Tujuan pembangunan Benteng itu adalah untuk menjaga kepentingan Portugis di Pulau Ende dari pengaruh Muslim dari Jawa.
Terkait dengan Kerajaan Islam Ende, diinformasikan bahwa pada tahun 1620 – 1630, Benteng Portugis di Ende diserang habis oleh orang Ende Daratan, khususnya Orang barrai.
Kejadian dipicu oleh kejadian seorang gadis Barrai bernama Putri Rendo yang ditaksir oleh panglima Benteng, namun dalam waktu yang sama gadis itu juga disukai oleh seorang imam Katolik.
Karena berebut ini si imam membunuh panglima benteng, dan si gadis Barrai melarikan diri ke Ende Daratan dan meninggal dunia di sana. Tidak terima gadis Barrai terusir dan mati, maka orang Barrai menyerang Ende dan membunuh semua orang Portugis di sana.
Kejadian itu barangkali hanya faktor kebetulan di mana kekuatan Ende daratan yang dimotivasi oleh kekuatan yang disinyalir kekuatan Islam yang menolak penjajahan sudah lama mengincar ingin menyerang Benteng Portugis di Pulau Ende.
Peristiwa Kejadian ini menjadi penjelas kenapa sejak itu, Pulau Ende tidak lagi menjadi pusat kekuatan Portugis dan misinya, karena sejak itu masyarakat pulau Ende seluruhnya masuk Islam. Pada tahun 1631, setahun setelah penyerangan, sebuah Masjid di pulau Ende dirikan oleh H Zainudin dan masjid ini dipercaya sebagai masjid pertama di Ende.
