Informasi di atas juga menunjukkan bahwa ketika jauh sebelum penyerangan Portugis di Pulau Ende, telah terjadi penguatan Islam di Ende Daratan. Secara bersamaan habisnya orang portugis di Pulau Ende, menjadi awal kajian tentang Ende beralih ke Ende Daratan. Saat-saat itu diperkirakan munculnya Kerajaan Islam Ende yang berpusat di Ambu Tonda, Kecamatan Kotaraja, Ende.
Hadirnya Kerajaan Ende menandai perkembangan Islam di Ende. Dari berdirinya Kerajaan Ende oleh Jari Jawa sebagai raja pertamanya, nampaknya Islam berkembangan tanpa ada saingan yang berarti dari Portugis. Pengaruh Portugis untuk sementara tertahan di Flores bagian Timur yaitu Larantuka dan Sikka. Sementara Flores bagian Barat sudah dimasuki pengaruh Islam, seperti Manggarai dan Ende. Sementara daerah Ngada masih didominasi kepercayaan animistik.
Perkembangan Islam di daratan Flores punya warna agak khas, yaitu lebih banyak diwarnai formasi politik di mana daerah-daerah Flores menjadi daerah kekuasaan dari penguasa Islam Sumbawa atau Islam Goa Makassar.
Fakta alam yang berbukit-bukit dan penduduk yang jumlahnya sedikit dan hanya tinggal di titik-titik tertentu dan tingkat komunikasi antar titik yang rendah menjadi gambaran kenapa agama Islam tidak berkembang pesat di Flores. Tradisi keilmuan yang menjadi warna utama perkembangan Islam kurang berkembang di kalangan Muslim Flores ini.
Hal ini mengakibatkan pemahaman Islam di Flores tidak sekaya atau sedalam seperti di Jawa, Sumatera, Kalimantan dan Makassar. Fenomena yang agak sama terjadi di Maluku Kepulauan. Gairah tinggi untuk belajar Islam secara keilmuan tidak terlalu nampak dari daerah ini.
Namun perkembangan Islam di Ende dari tahun 1630, yaitu terusirnya Portugis dari Pulau Ende hingga 1850 dimana penguasaan wilayah Flores diserahkan kepada Belanda, dengan segala keterbatasannya, eksistensi Kerajaan Islam Ende tidak begitu terganggu.
Memang tidak banyak bukti yang bisa dihadirkan sebagai kemajuan Islam di Ende ini, karena memang Islam di Ende belum menjadi bahasa Ilmu, tapi paling tidak kekuasaan Kerajaan Ende cukup otonom pada saat itu.
Hubungan Kerajaan Ende dengan kolonial dalam hal ini Belanda sejak Portugis terusir dari Lohayong (1613) dan Pulau Ende (1630) pun awalnya terbangun dalam bentuk kontrak kerjasama (1793), antara dua lembaga yang seimbang.
Walaupun dalam perkembangannya, di masa Belanda ini, raja Ende terkesan ambigu, mencari selamat dan kurang berpihak kepada rakyat. Namun di sisi lain, kehadiran Islam tidak terganggu oleh kehadiran misi agama lain di Ende.
Menurut Ardhana, mengutip Nunheim, kekuasaan Portugis di Flores sejak jatuhnya Benteng Lohayong di Solor (1613) tidak berkembang. Demikian juga di Ende, Portugis setelah juga terusir dari Pulau Ende di mana Benteng dan orang-orang Portugis dihabisi oleh orang Ende daratan pada tahun 1630.
Sejak itu perkembangan misi Katolik tidak terbina dengan baik. Ini memberi kesempatan Islam hadir dan melembaga dalam bentuk Kerajaan Islam Ende dan cukup eksis untuk beberapa periode. Terusir dari Lohayong, Portugis tidak bisa menguasai sepenuhnya Flores kecuali di Flores bagian Timur, yaitu Larantuka dan Sikka.
Gambaran secara umum di Ende antara 1859-1907 banyak diwarnai sikap protes masyarakat terhadap Kerajaan Ende yang tunduk kepada Belanda. Beberapa peperangan dari rakyat yang ditujukan kepada Belanda seperti pemberontakan Bharanuri, Mari Longa.
Belanda mulai intervensi secara kuat dan mengambil alih kendali kekuasaan sepenuhnya setelah munculnya kesadaran perlawanan rakyat terhadap eksistensi Belanda. Perlawanan rakyat itu dipimpin diantaranya oleh tokoh Muslim yang berseberangan dengan Raja Ende, yaitu Bharanuri yang melawan Belanda pada tahun 1887-1891.
Sementara itu, perkembangan Katolik di Ende baru setelah tahun 1850-an, setelah klaim kekuasaan Portugis atas bumi Flores diserahkan ke Belanda tepatnya 1859,16 Misi Katolik mendapatkan momentum yang pas dengan datangnya masa politik etis dari Belanda.
Sejak itu data yang ada menunjukkan perkembangan agama Katolik yang signifikan. Padahal pada tahun 1907 menurut FX Sunaryo yang mengutip Pater Looijmans, yaitu Pastor Stasi Lela sebelum tahun itu di Ende belum ada orang Katolik.
