Kerajaan Ende dan Sejarah Keagamaan Di Flores Nurcholish Madjid pada tahun 1990-an dalam sebuah seminar di Hotel Ambarukmo, Yogyakarta yang dihadiri penulis pernah menyatakan bahwa pendudukan Malaka oleh Portugis pada tahun 1511 telah menjadi pendorong perkembangan Islam yang luar biasa ke seluruh antero nusantara.
Para pelarian muslim dari Malaka yang bersambung dengan aktifitas para pedagang telah menyebarkan dan mengkonsolidasikan kekuatan islam ke berbagai daerah pantai seperti Aceh, Banten, Cirebon, Demak, Goa, Ternate, Tidore dan daerah-daerah pantai lainnnya, termasuk bandar-bandar laut di Nusa Tenggara Timur (NTT). Sebagian dari daerah-daerah itu pada saatnya melakukan perang terhadap kekuatan kolonial Portugis ini.
Kedatangan orang Portugis yang membawa Katolik di wilayah Nusa Tenggara Timur yang pertama kali tercatat Pada tahun 1561, ditandai dengan kehadiran kedatangan 3 orang, yaitu P. Antonio da Cruz, P. Das chagas dan Bruder Alexio ke Lohayong, Solor Flores Timur yang datang dari Malaka. Ini data yang sering disebut sebagai dasar penyebutan Katolik datang lebih dahulu di NTT dibandingkan Islam.
Sejak itu kemudian Lohayong kemudian dijadikan Portugis sebagai pangkalan dengan dibangunnya benteng Portugis (1566) dan menjadi awal penyebaran Katolik di Nusa Tenggara Timur (NTT).
Dari Lohayong ini misi Katolik menyebar ke pantai-pantai sekitar seperti Larantuka, Ende, adonara, Lamakera bahkan ke daratan Timor. Khusus di Ende, Portugis dengan alasan ingin menghadapi prompak muslim dari Jawa, maka didirikanlah benteng Portugis yang kedua setelah Lohayong yaitu di Ende pada tahun 1596.
Sementara menurut versi Islam, masyarakat Islam khususnya yang tinggal di Menanga Pulau Solor Flores Timur merasa datangnya Islam lebih dulu dibandingkan kedatangan Portugis di Lohayong.
Buktinya Islam di daerah ini telah berhasil membangun identitas politik lokal untuk melakukan perlawanan dengan Portugis. Kalau pemeluk Islam belum ada di situ, mana mungkin islam dan penduduk lokal dalam waktu singkat mampu melakukan gerakan perlawanan terhadap Portugis.
Bukti lain kehadiran Islam di daerah itu yang diajukan oleh Penduduk Muslim Solor adalah jauh sebelum Portugis datang, telah ada penyiar agama Islam di Solor, tepatnya di desa Menanga dengan ditandai makam Jou Pattiduri (abad 13 M) dan adanya keturunannya di daerah itu.
Pada tahun 1613, dibawah kepemimpinan Sultan Menanga, bekerja sama dengan kekuatan VOC yang mencoba menggeser Portugis dan menanamkan pengaruhnya di daerah ini, kekuatan islam melakukan perlawanan terhadap Portugis dan berhasil merebut benteng Lohayong.
