17 Pengembangan misi Katolik baru dimulai ketika Mgr Noyen singgah di Ende atas permintaan Nyonya Hens, istri Controleur Hens (petugas Belanda) yang karena melihat kondisi Ende yang damai kemudian menyetujui misi Katolik dapat mulai dikembangkan di Ende.
Pada tanggal 28 April 1911 Pater Looijmans mengunjungi Ende melihat peluang pengembangan Katolik. Pada tahun 1912 Pater Looijmans kembali ke Ende untuk menerimakan sakramen-sakramen dan mempermandikan anak-anak. Tahun berikutnya, 1913 Ende dijadikan pusat misi Katolik di Pulau Flores.
Sejarah lebih awal menyebutkan, Pada tahun 1862, pengembangan Katolik di Flores dijajaki oleh Ordo Jesuit. Pada tahun 1875, satu Ordo yang nantinya menggantikan Ordo Jesuit, yaitu Ordo Serikat Sabda Tuhan atau yang terkenal SVD (Societas Verbi Divini), yang didirikan Fr. Arnold Janssen di Steyl Belanda, juga pernah mengunjungi Flores.18 SVD inilah yang nantinya berhasil mengKatolikkan hampir seluruh Pulau Flores. Secara umum sebelum 1907, misi Katolik yang didukung Belanda belum menggarap Ende secara maksimal.
Periode 1913-1943, gerakan gereja di Flores berkembangan secara masif hingga pada tahun 1943 jumlah Umat Katolik di Flores sudah mencapai separuh lebih. Kesaksian Kapten Tasuku Sato, seorang kapten Jepang yang dikirim ke Flores 1943, memberi kesaksian perkembangan Katolik di Flores yang luar biasa hanya dalam waktu 30 tahun (1913-1943) berhasil menasbihkan 400.000 orang masuk agama Katolik. Demikian perkembangan Katolik relatif dominan hingga kini.
Naiknya jumlah umat Katolik lebih banyak disebabkan adanya perpindahan agama penduduk dari keyakinan animisme ke Katolik. Peran gigih para pastor di lingkungan gereja mampu meyakinkan penganut animistik itu untuk lebih memilih Katolik daripada Islam. Hingga puncaknya Katolik menjadi agama mayoritas di pulau Flores.
Pembangunan umat Katolik di Ende dan Flores melalui pendidikan, penerbitan buku seperti Nusa Indah di Ende patut menjadi cermin dalam memajukan umat beragama. Banyaknya orang pintar dari Flores adalah produk dari pendidikan yang diselenggarakan Sekolah Katolik.
Sementara itu, perkembangan Islam di Ende ini relatif stagnan. Dari pengamatan penulis ada beberapa penyebab tidak berkembangnya Islam di bumi Flores. Pertama, Sejak Belanda mengembangkan politik etis, dan Belanda mulai mengenalkan Pendidikan bekerjasama dengan pihak gereja, maka penduduk lokal yang masih penganut animisme di Pulau Flores banyak memeluk Katolik.
Kedua, peran ambigu Kerajaan Islam Ende pada zaman kolonial yang seakan-akan mengambil posisi di ketiak Belanda karena beranggapan Belanda lah membantu mengusir Portugis dari Flores membuat Islam kurang menarik simpati masyarakat Ende, bahkan memicu perlawanan dari rakyatnya.
Ketiga, fakta alam flores yang berbukit-bukit dan minimnya sumber daya alam yang bisa dieksplorasi serta realitas sosial Ende yang masih dominan berbangga-bangga dengan pengelompokkan marga atau fam telah membuat kedirian masyarakat Islam terbelah.
Ini berbeda dengan umat Katolik yang terpusat tidak saja dalam lingkup keuskupan lokal tetapi juga dalam jaringan internasional membuat kebanggaan terhadap fam dan marga di lingkungan Katolik dapat dikomunikasikan sedemikian rupa sehingga terhindar dari segala hal yang bersifat kontraporduktif. Keempat, khazanah Islam belum berkembang dalam bahasa keilmuan. Agama masih sebatas penyampaian dakwah yang direalisasikan dalam kegiatan yang lebih cenderung ritualistik.
Tradisi keagamaan yang belum diterjemahkan dalam bahasa ilmu Ini mengakibatkan kemiskinan pada dataran kontruksi dan reproduksi keilmuan yang bersumber dari ajaran Islam di Ende. Belakangan setelah reformasi 1998, nampaknya ada sedikit perkembangan menarik dari jumlah umat Islam di Ende.
Keterbukaan informasi, demokrasi telah membuka ruang dialog yang lebih luas pada masyarakat yang menyebabkan ada keterbukaan akses dalam bidang pembangunan sosial. Dalam demografi keagamaan, ada perkembangan menarik dari jumlah umat Islam ber-dasarkan data BPS tahun 2002 dan 2003.
Pada tahun 2002 disebutkan jumlah Umat Islam di Ende 28.524. jumlah itu ternyata pada tahun 2003 berkembang menjadi 32.661. Sementara umat Katolik mengalami penurunan dari 35.807 (tahun 2002) menjadi 34.595 (tahun 2003). Kemungkinan terbesar naiknya jumlah populasi umat Islam disebabkan bertambahnya para pendatang di bumi Ende dari luar daerah seperti Jawa, Makassar, Padang karena ingin berdagang di Ende.
