Pada masa Raja Muna ke X La Titakono (1600-1625) Kerajaan Muna menolak campur tangan VOC di Buton karena dapat mengancam keutuhan dan persatuan Kesultanan Butuni Darusalam setelah mengetahui gelagat VOC di Buton.
Namun pada akhirnya Sultan Buton tetap melakukan perjanjian pada tahun 1613 di bawah pimpinan Sultan Dayanu Iksanudin (Laelangi), dengan adanya perjanjian tersebut maka hubungan persaudaraan yang telah dibina oleh para pendahulu kedua kerajaan ini menjadi renggang, dan akhirnya menimbulkan peperangan antara Muna dan Buton dibawah pimpinan Raja Muna XII yaitu Sangia Kaendea (1626-1667).
Pada awalnya Kerajaan Muna memenangi peperangan tersebut, namun setelah Buton mendapat bantuan dari VOC maka pasukan kerajaan Muna harus mundur. Selang beberapa waktu, pasukan Buton yang diperkuat oleh armada Kapal VOC berlabuh di perairan pulau lima tepatnya di depan Lohia, pihak Buton dan VOC kemudian mengirim utusan untuk menemui Raja Muna dengan alasan perundingan perdamaian diantara kedua belah pihak.
Mula-mula La Ode Ngakdiri/ Sangia Kaendea meragukan hal tersebut, namun karena terbujuk oleh alasan persaudaraan akhirnya iapun turut serta dalam melakukan perundingan itu.
Sesampainya di pulau lima Raja Muna tidak diajak untuk berunding seperti apa yang diberitahukan semula, melainkan beliau ditangkap dengan tipu muslihat oleh Buton dan VOC dan diasingkan ke Ternate, setelah beberapa lama kemudian Raja Muna tersebut diselamatkan kembali oleh Pihak Kerajaan Muna dan kembali menduduki tahta Kerajaan Muna.
Perlawanan Raja Muna berikutnya dilakukan oleh La Ode Saete (1816-1630) yang melakukan peperangan dengan pihak Belanda dan Buton sehingga banyak menghancurkan kapal-kapal Belanda dan Buton di Muna, selain itu Raja Muna tersebut mengorganisir semua kekuatan tempur yang ada dan melakukan perang semesta melawan penjajah sehingga beliau mampu mempertahankan Kerajaan Muna dari serangan musuh yang datang bertubi-tubi.
Perjuangan Kerajaan Muna berikutnya dipelopori oleh La Ode Pulu (1914-1918), beliau menentang keras perjanjian Korte Verklaring Tahun 1906 antara Buton dan Belanda. Raja Muna menganggap perjanjian tersebut adalah ilegal dan sepihak yang tidak sesui dengan Peraturan Adat di Muna sehingga beliau melakukan perlawanan rakyat secara gerilya dan banyak mematahkan serangan pasukan Belanda.
Walau demikian beliau akhirnya tetap terbunuh dalam peperangan tersebut karena minimnya jumlah persenjataan dan logistik perang. Hal tersebut menandai awal runtuhnya kedaulatan Kerajaan Muna dan makin kuatnya cengkeraman Belanda dan Buton di Muna.
Walaupun demikian, Raja-Raja Muna berikutnya tetap menolak Isi Perjanjian tersebut sehingga pergantian Raja-Raja Muna berikutnya selalu tidak berlangsung lama.
Perjuangan Rakyat Muna terus bergolak menentang penjajahan Belanda hingga akhirnya membentuk banyak lasykar-lasykar Rakyat dan beberapa Batalion tempur diantaranya Batalion Sadar yang merupakan embrio berdirinya KODAM WIRABUANA di Makassar dan mendukung kesepakatan Malino untuk bergabung dengan Pemerintahan Pusat di Jakarta dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).
Perjuangan Pembentukan Kabupaten Muna seiring dengan perjuangan pembentukan Propinsi Sulawesi Tengara. Dalam perjuangan ini dilakukan secara sinergis antara tokoh yunior dan tokoh senior baik yang ada di Muna ataupun yang ada diperantauan, baik perorangan maupun organisasi.
Tokoh yunior seperti Idrus Efendi, Halim Tobulu, La Ode Enda dan La Ode Taeda Ahmad dikenal sangat gigih memperjuangkan pembentukan Kabupaten Muna dan Propinsi Sulawesi Tenggara, Selain itu, organisasi para militer yang dibentuk seperti Batalyon SADAR (Sarekat Djasa Rahasia) dan Barisan 20 secara terus menerus menggalang dukungan guna perwujudan pembentukan Kabupaten Muna dan Propinsi Sulawesi Tenggara.
Bataliyon SADAR dan Barisan 20 pada awalnya dibentuk untuk melakukan perlawanan terhadap pasukan sekutu ( NICA ) yang diboncengi Belanda yang mencoba kembali untuk melakukan penjajahan terhadap Indonesia yang telah memproklamirkan kemerdekaannya pada Tanggal 17 Agustus 1945, dengan semangat jiwa patriotisme tokoh-tokoh Muna tersebut terus bergerak melakukan perlawanan gerakan bawah tanah dan perang terbuka agar pasukan NICA keluar dari bumi Indonesia khususnya di Kabupaten Muna. Sejarah Kerajaan Muna.
