Pertama : Keterkejutan prasangka dari Raja Larantuka dan kepala-kepala suku yang sudah Katolik. Mereka berprasangka jangan-jangan di bawah “ tuan yang baru”, mereka akan dijadikan orang Protestan. Prasangka itu teratasi dengan sebuah rekomendasi yang dikirim oleh Pater Gregorio, misionaris Portugis dari Dili. Raja-raja kemudian ikut membantu perkembangan misi di Flores Timur dan pulau-pulau sekitarnya.
Kedua : Berkenaan dengan kualitas iman umat pada waktu itu. Pastor L.P.N Sanders, misionaris Belanda pertama di Larantuka melihat gereja-gereja terbengkalai. Seorang misionaris lain asal Belanda bernama Pastor Heynen menulis: “Betapa banyak kebiasaan buruk telah masuk ke dalam hidup mereka. Takhayul tumbuh subur bagaikan tanaman liar di lading yang tidak terurus.”
Pastor G. Metz, SJ, yang membuka jalur misi para misionaris Yesuit Belanda di wilayah Flores Timur, Adonara, dan Solor mulai mengambangkan pendidikan lewat sekolah, disamping itu beliau mengambangkan bidang kesehatan dan pertanian. Kemajuan demi kemajuan dicapai, sampai tahun 1875 simbol kekafiran yang terakhir dihapuskan dengan dibubarkannya rumah adat yang terakhir di wilayah itu.
Larantuka berkembang menjadi pusat misi yang semakin mantap, sementara paroki-paroki di pulau-pulau lain dihidupkan kembali atau didirikan baru. Dalam usaha ini Don Lorenzo, Raja Larantuka memberi andil yang cukup banyak.
Sekitar tahun 1913 misionaris bergelar SVD (Societas Verbi Divini) mulai memasuki sejarah Gereja di Nusa Tenggara. Serikat ini didirikan oleh Arnold Janssen di kota Steyl, Jerman Barat pada tahun 1875. Pada tahun 1913 juga terbentuk Prefektur Apostolik Nusa Tenggara dengan Mgr. Noyen, SVD sebagai kepala Prefekturnya. Pada awalnya Timor menjadi pusat Prefektur.
Pada tahun 1914 Flores diambil alih oleh Serikat Sabda Allah dari tangan Yesuit. Kegiatan pastoral di Larantuka pada waktu itu sudah mencatat kemajuan-kemajuan, antara lain: daerah-daerah sekitar Larantuka yang dahulu belum beriman menjadi Katolik, sekolah-sekolah berkembang dibanyak tempat di pelosok-pelosok.
Pada masa Perang Dunia II, ketika hampir semua misionaris Eropa diiternir, satu dari dua imam pribumi pertama, Pastor Gabriel Manek, SVD, ikut melayani umat di wilayah Larantuka. Beliau, kemudian menjadi Vikaris Apostolik Larantuka dan pulau-pulau sekitar.
