Rumah Raja/Istana Tidak seperti di Jawa atau di Kalimantan di mana biasanya raja mempunyai istana kerajaan yang besar, istana raja Kerajaan Ende hanya berpusatkan pada rumah raja saja.
Itu sebabnya istana raja Ende hanyalah rumah biasa sebagaimana rumah pribadi di sekitarnya. Saat ini rumah raja Kerajaan Ende dalam kondisi rumah yang memprihatinkan yang berada di Kampung Ambu Tonda, Kota Raja, Ende. Tepatnya seberang jalan dari Masjid Ar-Rabithah.
Rumah raja Kerajaan Ende saat ini dalam kondiri tidak terawat karena tidak dihuni. Perhatian pemerintah yang rendah menyebabkan tidak ada perhatian khusus terhadap aset sejarah Kerajaan Ende ini.
Diakui memang, Kerajaan Ende ini tidak meninggalkan peralatan istana layaknya istana raja di daerah lain seperti singgasana raja, pakaian kebesaran raja atau stempel khas kerajaan. Tidak adanya jejak khusus ini pula yang belakangan menimbulkan pertanyaan bahwa adakah Kerajaan Ende Islam itu.
Adanya Korte Verklaring VOC atau Belanda dengan Kerajaan Ende pada tahun 1793 menjadi bukti resmi pengakuan adanya Kerajaan Ende di Flores bekerjasama dengan Belanda. Sejak itu Ende sering disebut dalam dokumen administrasi Belanda seperti. Kerjasama pemimpin Islam di Kepulauan Nusa tenggara Timor relatif mudah terbangun mengingat kekuatan-kekuatan Islam lokal yang berkolaborasi dengan VOC dalam mengusir Portugis.
Makam Raja-raja Ende Menurut informasi keturunan keluarga Kerajaan Ende, makam raja-raja Ende terdapat di dua tempat, yaitu di Makam Wawoawu dan Makam di sekitar Masjid Ar-Rabithah. Makam Wawoawu berada sekitar 3 km dari istana raja. Tidak semua raja dimakamkan dia Wawoawu.
Ada juga satu raja Ende yang sempat menjadi tahanan politik Belanda adalah Pua Noteh yang dibuang ke kupang dan meninggal di sana. maka Makam Puan Noteh pun berada di Kupang.
Makam raja di sekitar masjid Ar-Rabithah hanya ada makam raja, selebihnya adalah makam keluarga raja. Raja-raja yang dimakamkan di sekitar masjid adalah makam Inderadewa yang berada di depan Masjid Ar-Rabithah, termasuk makam raja Ende terakhir Hasan Aroeboesman dimakamkan di belakang masjid Ar-Rabithah.
