Pinisi asli Sulawesi pertama diperkirakan dibangun pada tahun 1906 oleh pengrajin perahu dari Desa Ara dan Lemo-Lemo. Mereka membangun perahu Pinisi pertama untuk seorang nahkoda dari Bira. Sejak tahun 1930-an, kapal layar ini mengadopsi jenis layar baru, yaitu layar nade, yang berasal dari layar pemotong dan layar sekoci yang digunakan oleh para pencari mutiara barat dan pedagang kecil di Indonesia Timur.
Pada tahun 1970-an, semakin banyak Palari Pinisi yang dilengkapi dengan mesin. Karena desain lambung Palari kurang cocok untuk dipasangkan mesin, lambung tipe Lambu kemudian digunakan sebagai alternatif. Meskipun mesin digunakan sebagai penggerak utama, layar tetap digunakan sebagai pelengkap ketika angin bertiup.
Banyak kapal yang menghilangkan layar belakang, tetapi beberapa kapal tetap mempertahankan tiangnya. Jenis kapal ini disebut Perahu Layar Motor (PLM). Pada tahun-tahun berikutnya, kapasitas muatan Pinisi meningkat hingga rata-rata 300 ton.
Layar nade digunakan pada kapal yang berukuran sedang, sementara kapal yang lebih besar menggunakan layar Pinisi. Namun, karena tiang layar menjadi lebih pendek akibat pemasangan mesin, layar hanya digunakan saat angin bertiup.
Saat ini, kapal Pinisi terutama digunakan untuk perdagangan, berfungsi sebagai kapal kargo antar pulau, seperti mengangkut kayu dari Kalimantan ke Jawa dan sebaliknya, mengangkut bahan makanan dan barang dari Jawa yang lebih terindustrialisasi ke pelabuhan-pelabuhan terpencil di kepulauan Indonesia.
Selain itu, kapal ini juga sering digunakan untuk pariwisata. Banyak kapal Pinisi yang dimodifikasi menjadi perahu sewaan dengan interior mewah dan dilengkapi dengan peralatan menyelam, permainan air, serta awak yang terlatih dan diperkuat dengan teknik modern oleh investor baik asing maupun lokal untuk tujuan pariwisata, misalnya dalam perjalanan wisata laut di perairan Indonesia seperti di Pulau Komodo atau Raja Ampat.
